核心结论：合作协议中关于公司设立和经营的内容，在公司章程通过后即被吸收，转化为公司治理规则，应通过章程及公司机关运行，而非继续作为股东间可任意解除的合同义务；涉及经营理念、管理设计的条款，多属倡导性安排，不构成可诉请履行的合同权利义务。
一、问题提出
创业伙伴在设立公司前先签一份《合作协议》，把出资比例、经营方向、管理模式写得清清楚楚。公司成立、章程通过后，一方觉得经营理念不合，想以公司违反合作协议为由解除协议、退出合作。合作协议还能不能解除？这与公司能否继续稳定经营直接相关，也是股权类纠纷中常见的争议点。
二、案例回顾
朱某某与某集团有限公司等协商设立公司，各方先行签订了《合作协议》，约定公司设立与经营的相关事项。公司依法成立后，章程对公司的组织机构、议事规则、利润分配等作出规定。此后，朱某某以公司违反《合作协议》中关于经营管理的约定为由，诉请解除《合作协议》。
法院经审理认为，股东为成立公司签订的《合作协议》中，关于公司设立和公司经营的部分内容已被公司章程吸收，属于公司治理范畴；关于公司经营管理设计的部分内容涉及公司经营理念，并非对股东之间合同权利义务的约定。公司成立后，股东一方以公司违反《合作协议》前述约定为由要求解除协议的，不予支持。
三、裁判规则
《中华人民共和国公司法》第五条规定，设立公司应当依法制定公司章程，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力；第十条规定，公司章程对公司及其股东具有效力，股东会等公司机关依章程运作。民法典第一百四十二条规定，有相对人的意思表示的解释，应当按照所使用的词句，结合相关条款、行为的性质和目的、习惯以及诚信原则，确定意思表示的含义。合作协议与章程并存时，何者优先、能否解除，须结合条款性质判断。
规则要点：其一，合作协议中关于公司设立和经营的内容，在公司章程通过后即被吸收，转化为公司治理规则，应通过章程及公司机关运行，而非继续作为股东间可任意解除的合同义务；其二，涉及经营理念、管理设计的条款，多属倡导性安排，不构成可诉请履行的合同权利义务；其三，股东对经营方向不满，救济途径是依章程行使表决权、提议修改章程或依法转让股权、请求解散公司，而非解除合作协议；其四，协议约定与章程内容不一致的，处理上应区分内部股东约定与公司治理规范，章程通常对公司机关运行具有优先适用性。
四、实务操作
对创业者而言：第一，签订合作协议时应明确其与章程的关系，可约定”本协议与章程不一致的，以章程为准”或”本协议内容在公司成立后自动并入章程”，避免日后争议；第二，公司成立后及时将出资比例、议事规则、退出机制等核心安排落实到章程并完成登记备案，使约定获得章程效力的加持；第三，对经营理念分歧，先通过股东会协商、修改章程解决，不宜动辄以解除协议相要挟，以免触发违约责任或影响融资。对拟退出股东而言：第一，梳理合作协议条款性质，区分公司治理安排与股东间金钱给付等真实合同义务；第二，解除协议受阻时，评估股权转让、公司回购、司法解散等替代路径及其条件；第三，涉及对赌、回购等特殊安排的，注意此类条款通常独立有效，不因合作协议解除而消灭。股东合作协议与章程的衔接是股权设计中的常见盲区，建议在设立阶段即由专业律师把关文本。
五、律师提示
合作协议在公司成立后并非”废纸”，但其效力边界取决于条款性质：被章程吸收的内容归入公司治理，不可随意解除；约定股东间金钱给付、对赌回购等条款仍具合同效力。创业者应把核心安排写进章程，拟退出股东则应先判断协议条款性质再选救济路径，避免”解除协议”这一招行不通又错失其他机会。
免责声明：本文仅供参考，不构成法律意见。具体法律问题请咨询专业律师。